综合办公室:设主任1名,现有秘书1人。科室主要职能是党建组织工作、保密工作、师资队伍建设与管理、产教融合与社会服务管理、资产管理、信息化建设、文件档案管理等。
学生工作办公室(分团委):设主任1名、分团委书记1名、分团委副书记1名,辅导员9人。科室主要工作职能是学生思想教育、学生心理健康教育、学生日常管理、学生资助、学籍管理等工作等。
教学与科研办公室:设主任1名,现有教学秘书2人。科室主要工作职能是校内教学日常管理、学生成绩管理、学生顶岗实习管理、学生就业指导与管理、科研管理等。
现代畜牧教研室:设主任1名,现有专业教师15人。建有职业本科现代畜牧专业,以及高职畜牧兽医专业、畜禽智能化养殖专业。教研室工作职能是专业建设、师资队伍建设、实训实习基地建设、本专业领域科研与社会服务等。
动物医学工程教研室:设主任1名,现有专业教师20人。建有职业本科动物医学专业、宠物医疗专业,以及高职动物医学专业、宠物养护与训导专业、动物防疫与检疫专业。教研室工作职能是专业建设、师资队伍建设、实训实习基地建设、本专业领域科研与社会服务等。
特种养殖教研室:设主任1名,现有专业教师13人。建有职业本科现代水养养殖技术专业,以及高职现代马产业技术专业、水产养殖技术专业。教研室工作职能是专业建设、师资队伍建设、实训实习基地建设、本专业领域科研与社会服务等。
动物疫病诊断创新服务中心:设主任1名,现有中心管理教师1人。中心工作职能是搭建产学研平台,服务师生和校企合作企业开展科研、教学、生产服务工作。学院专业教师10余人常年开展科研项目,校企合作企业新疆泰昆集团、新疆正大集团14名技术专家常年开展科研和技术服务。