马克思主义学院前身是2004年成立的社科部和2006年成立的思想政治教育研究所。2016年社科部与思想政治教育研究所合并，成立马克思主义学院。

学院是新疆首所、全国第三家独立设置的高职马克思主义学院，自治区高职院校唯一重点马克思主义学院，先后获批教育部思政课改革创新先行试点、全国职业院校课程思政研究中心、全国首批“高职院校数字马院示范中心”、自治区教育系统铸牢中华民族共同体意识研究与实践基地。

现有教职工53人，拥有“全国教书育人楷模”1人，国务院政府特殊津贴享有专家1人，国家“万人计划”教学名师1人，全国高校思想政治理论课影响力人物1人、全国最美思政课教师1人、“天山英才”教学名师2人、自治区宣传思想文化青年英才1人，自治区思政课教学名师5人，自治区思想政治理论课骨干教师2人、全国思政课名师工作室主持人1人、自治区思政课名师工作室主持人5人、昌吉州高层次人才(技能大师) 工作室主持人1人、昌吉州庭州文化名家3人。学院荣获“全国三八红旗集体”。

团队教师近年来在教学竞赛中获得国家级奖项7项、省部级奖项20余项，“案例导引，问题核心，三元融汇，五维协同”的高职问题式专题化教学模式荣获自治区职业教育教学成果特等奖。中国教育电视台、中国教育报、中国教育新闻网、新疆电视台、新疆教育电视台、石榴云等报道教学模式40余次。新疆电视台、新疆日报、天山网等主流媒体报道了该成果的使用和推广情况。

学院立项教育部和省级建设项目9项，出版《高职思想政治理论课专题化教学新论——以新疆高职院校为对象研究》《高职思政课问题式专题化教学模式研究》《高职“思想道德与法治”专题化课程设计案例集》等专著3部，编写实验教材6部，发表论文64篇（其中核心期刊23篇）。参建国家级教学资源库1项，省级在线资源开放课程4项。学校荣获全国职业教育“三全育人”典型工作案例。

学院教师积极参与中宣部、教育部社科司、职成司、自治区党委教育工委文件起草和调研、论证会，提供咨询服务。依托新疆职业院校思想政治教育研究会、“大思政课”建设创新联席会等平台，组织开展各类培训、研讨、宣讲活动200余场，覆盖教师2万余人次。学院有5位教师受聘为昌吉州专家宣讲团成员，昌吉州教育系统思政理论宣讲团成员，积极发挥学科优势，服务全州宣讲工作。2020年至今，为地州学校、州党校思政课教师培训、昌吉州地县市开展宣讲100余场，同时担任各级各类评比、比赛评委30余次，参与电视台直播、云宣讲近10次，有力有效让党的声音深入人心。